□面密度,累積光密度值（IOD）/待測區域組織面積：累積光密度值是所有陽性信號光密度的積分，除以待測區域組織面積可反映陽性多少和深淺，成正比。優點是既考慮了陽性的面積以及陽性的深淺，且不受待測組織大小的影響。
□陽性率，陽性細胞數/總細胞數：分析陽性細胞數占總細胞數的占比。反映陽性細胞數量比率高低，成正比。優點適用于細胞類型較單一的情況。比如腫瘤組織中KI67指標腫瘤細胞增值比率，脾臟組織內CD3指標T細胞比率等。
□陽性細胞密度，陽性細胞數/待測區域組織面積：分析陽性細胞數占待測區域組織面積之比。反映單位面積內陽性細胞個數，成正比。優點不受多種細胞類型數量影響。常用在浸潤型的炎性細胞中，比如肝組織中某類炎性細胞占比，代表性指標MPO、CD68等。
□陽性強度，各陽性點顏色深淺的平均值：反應整張片子或者某個區域陽性的平均深淺度。明場為平均光密度（average optical density），暗場為平均強度（average intensity），數值越大陽性程度越強。適用性廣，由于沒有考慮陽性面積，在極端情況下會出現，陽性極少且顏色深時陽性強度值高，陽性點多且顏色淺時陽性強度值低。可以結合陽性面積一起評價。
□陽性面積比，陽性面積/待測區域組織面積：不考慮陽性深淺的變化，單純的比較陽性面積占比。
□MVD，微血管數量/視野：單位面積內微血管數量，對于微血管的識別不需具備完整的管腔和紅細胞，只要有明顯的血管內皮細胞染色、并且能與相鄰的血管、實質細胞以及間質成分相分隔的，就可視為一個獨立的血管，分辨不清、管腔直徑＞8個紅細胞直徑的血管以及具有較厚肌層的血管不納入計數內。常用指標CD31、CD34。此項只能分析高倍視野的圖片。
□IRS評分：對免疫組化切片中的染色程度（0-3分）以及陽性率（0-4分）分別評分后相乘得到綜合評分（0-12分）。具體如下，染色強度以目的細胞呈現染色特性計分：無著色為0分，淡黃色為1分，棕黃色為2分，棕褐色為3分；以細胞陽性比率進行計分：0～5%為0分，6%～25%為1分，26%～50%為2分，51%～75%為3分，>75%為4分。綜合評分可劃分陽性高低后進行統計，常用于癌和癌旁的芯片生存分析中。
□H-Score：即 Histochemistry score （組織化學評分）的縮寫，是處理免疫組化的一種組織學評分方法，將每張切片內陽性數量及其染色強度轉化為相應的數值，達到對組織染色半定量的目的。H-Score（H-SCORE=∑（pi×i）=（percentage of weak intensity×1)+(percentage of moderate intensity×2)+(percentage of strong intensity×3)，式中pi表示陽性信號像素面積/細胞數量占比；i代表著色強度）。H-score為0-300之間的數據，數據越大說明綜合陽性強度越強。
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