免疫熒光技術主要靠觀察標本的染色結果進行抗原的鑒定和定位，因此標本的制作十分重要。在制作標本過程中應力求保持抗原的完整性，并在染色、洗滌和包埋過程中不發生溶解和變性，也不擴散至鄰近細胞或組織間隙中。標本要求盡量薄些，以利抗原抗體接觸和鏡檢。標本中干擾抗原抗體反應的物質要充分洗去，有傳染性的標本要注意安全。
一：標本的處理
. 涂片和印片 血液、細菌培養物、腦脊液、體腔滲出液和細胞懸液等均可簡單地涂抹在玻片上，干燥固定后就可用于熒光抗體染色。腦脊液、臟器（肝、脾、淋巴結等）、細菌菌落或尸體病變組織可把切面壓印于玻片上作成印片，經固定后再染色。
. 組織切片 這是組織學和細胞學zui常用的顯微鏡標本片。主要有以下兩種：①冷凍切片：為了使抗原zui大量的保存，的制片方法是冷凍切片，其優點是操作簡單，組織的抗原性保存好，自發熒光較少，特異熒光強，同時適用于不穩定的抗原，缺點是組織結構欠清晰。②石蠟切片：石蠟切片是研究形態學的主要制片方法，它不但是觀察組織結構的理想方法，而且可進行回顧性研究。其優點是組織細胞的精細結構顯現清楚，但對抗原的保存量不如冷凍切片，并有組織自發熒光和非特異性熒光，需加酶消化處理。
. 細胞培養標本 用HEP-2細胞或Hela細胞培養，待細胞在玻片上形成單層，固定后用作抗核抗體等檢測的抗原片。還可使細胞單層生長在玻片上，再用病毒或病人標本感染，然后固定，用熒光抗體染色法檢測病毒。
. 活細胞染色 檢查淋巴細胞表面抗原以及免疫球蛋白受體、癌細胞表面抗原、血清中抗癌細胞抗體等，均可用活細胞熒光抗體染色法。當同時觀察細胞表面兩種抗原的分布和相互關系時，可用雙標記法進行染色。
二：標本的固定
標本固定的作用不僅使細胞內蛋白質凝固，終止細胞內酶反應過程，防止細胞自溶，以保持細胞固有形態和結構，更重要的作用是保存組織細胞的抗原性，防止標本從玻片上脫落，除去妨礙抗體結合的類脂，易于保存。固定標本的原則應不損傷細胞的形態、細胞內的抗原和細胞膜的通透性。
蛋白質類抗原如血清蛋白質和抗體，可用乙醇或甲醇固定；微生物抗原可用丙酮或三氯化碳固定；如需除去病毒的蛋白質外殼，則可使用胰蛋白酶；多糖類抗原用10% 福而馬林固定或以微火加熱固定。如有粘液物質存在，應用透明質酸酶等處理除去。類脂質豐富的組織進行蛋白、多糖抗原檢測時，需用有機溶劑（乙醚、丙酮等）處理除去類脂。
三：標本的保存
標本在固定干燥后，立即進行熒光抗體染色及鏡檢。如必須保存時，則應保持干燥，置4℃以下保存。一般細菌涂片或器官組織切片經固定后可保存一個月以上。但病毒和某些組織抗原標本抗原性喪失很快，數天后就失去其抗原性，需在-20℃以下保存。
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